Trước đây, xã Thạnh Thới An thuộc huyện Mỹ Xuyên.

Ngày 7 tháng 7 năm 1982, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 111-HĐBT[3]. Theo đó, chia xã Thạnh Thới An thành 4 xã lấy tên là xã Thạnh Thới An, xã Thạnh Thới Thuận, xã Thạnh Thới Hòa và xã Thạnh Thới Bình.

Ngày 16 tháng 9 năm 1989, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 128-HĐBT. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Thạnh Thới Hòa vào xã Thạnh Thới An.

Ngày 23 tháng 12 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 64/NQ-CP[4]. Theo đó, chuyển xã Thạnh Thới An về huyện Trần Đề mới thành lập.